ترددت خلال الأيام القليلة الماضية اخبار عن اختفاء بعض القطع الأثرية المهمة التي كانت موجودة في ضريح السيدة نفيسة ، خصوصاً بعد الانتهاء من التطوير والتجديد الكامل الذي حدث للمسجد والضريح ، التطوير والتجديد الذى تم على نفقة طائفة البهرة الشيعية ومقرها الرئيسي في دولة الهند .
القطع والمكونات الأثرية التي اختفت بعد عمليات الترميم المزعوم ، وهو في الحقيقة تجديد وتطوير وليس ترميما ، حيث من المعروف أن عمليات الترميم تقوم بإصلاح وتنسيق القطع والمكونات الأثرية وإعادتها إلى طبيعتها كما كانت وليس إزالتها واستبدالها بقطع ومكونات أخرى .
قائمة القطع والمكونات الأثرية التي اختفت :
١- باب الضريح الفضي
٢- النجف التركي
٣-رنك الخديوي عباس حلمي .
٤- جدارية رخام مكتوب عليها موعد وتفاصيل التجديدات التي تمت في عهد الرئيس أنور السادات.
٥- المقصورة القديمة تم أُستبدالها بمقصورة جديدة
٦-الشبابيك الفضية تم تغطيتها بالرخام.
٧-كل العناصر الزخرفيه والكتابات أُستبدلت بتصميم غريب لا يمت لطرز العمارة المصرية الإسلامية التي تخضع لأسس معروفة في التصميم.
٨- اختفاء الجدارية المكتوب عليها اسماء حكام مصر الذين جَددوا الضريح ، والأسم الوحيد الموجود حاليا هو اسم رئيس طائفة البهرة الشيعية على المقصورة الجديدة .
جدير بالذكر أن رئيس قطاع الآثار الإسلامية الدكتور أبو بكر عبد الله قال أن المجلس الأعلى كَلّف بتشكيل لجنة تضم عدداً من خبراء الآثار والمؤرخين ، وعدداً من العاملين بقطاع الآثار الإسلامية ، لإثبات ما إذا كان قد حدث طمس وتشويه للمعالم التاريخية لمسجد السيدة نفيسة بعد ترميمه أم لا .